نگارنده این سطور پیش از این در مقاله‌ای با عنوان «پژوهشی در مسیر امام علی (ع) به صفین و محل جنگ صفین»، به تعیین موقعیت جغرافیایی منطقه صفین پرداخته است. در آن مقاله اشاره شد به اینکه در منابع تاریخی و جغرافیایی اسلامی، موقعیت جغرافیایی منطقه صفین در نقطه‌ای در غرب رقّه، میان این شهر و شهر «بالِس»، و مقابل «قلعه جَعبَر»، کنار رود فرات تعیین شده است؛ و شواهد باستان‌شناختی نشان می‌دهد که منطقه صفین در محلی در غرب کوه معروف به «جبل بنات ابی‌هریره» قرار داشته است. این موقعیت، امروزه در غرب شهر «الثوره»، در حدود 40 کیلومتری غرب رقّه واقع است که پس از احداث سد عظیم فرات در شمال «الثوره» در سال 1975 میلادی، به زیر آب دریاچه پشت سد فرو رفته و کوه بنات ابی‌هریره نیز به صورت جزیره‌ای میان دریاچه، به منطقه حفاظت‌شده طبیعی «الثوره» تبدیل شده است.
همچنین اشاره شد به اینکه، از جمله شواهدی که انطباق منطقه صفین را بر محل تعیین شده تأیید می‌کند، وجود چند بنای آرامگاهی بسیار کهن اسلامی در انتهای شمال غربی جزیره الثوره یا همان کوه بنات ابی‌هریره است که قدمت آنها، با توجه به سبک معماری و تزیینات به کار رفته، از قرن چهارم تا نیمه اول قرن ششم هجری تخمین زده می‌شود. این بناها اگرچه در دوره‌های اخیر، نزد اهالی منطقه به قبور یا برج‌های «بنات ابی‌هریره» شهرت یافته؛ اما به احتمال نزدیک به یقین، زیارتگاه‌های صفین است که شامل مشهد یا خیمه‌گاه امام علی (ع) و قبور برخی از شهدای جنگ صفین بوده است.
مستند این ادعا آن است که شماری از جغرافیدانان مسلمان، از جمله اصطخری، جیهانی و ابن حوقل به وجود قبر عمار یاسر در صفین اشاره کرده‌اند و ابن حوقل افزوده است که قبور بیشتر اصحاب علی که آنجا کشته شدند، باقی و شناخته شده است. ¹ المسالک و الممالک، اصطخری، ص 54؛ اشکال العالم، جیهانی، ص 49؛ صورة الارض، ابن حوقل، صص 203-204. ابوشامه مقدسی (درگذشته 665ق) نیز نقل کرده است که پس از آنکه عمادالدین زنگی (پدر سلطان نورالدین محمود) در قلعه جعبر به‌قتل رسید، او را در صفین نزد اصحاب امیرالمؤمنین علی ‌(ع) دفن کردند؛ سپس جنازه‌اش به رقه انتقال یافت و در آنجا به خاک سپرده شد. ² الروضتین فی اخبار الدولتین النوریة والصلاحیة، ج 1، ص 182.
همچنین ابن عدیم به وجود مشهد یا خیمه‌گاه امام علی (ع) در صفین و قبور اصحاب امام (ع) در جنوب و شرق آن اشاره کرده ³ بغیة الطلب فی تاریخ حلب، ج 1، ص 280. و ابن خلّکان نیز از وجود مشهد (زیارتگاه) [بدون اشاره به نام آن] و قبور کشته‌های صفین، از جمله عمار یاسر، در آنجا سخن گفته است. ⁴ وفیات الاعیان، ج 2، ص 329.
اما اشاره جالب و مهم دیگر در این زمینه، از آنِ ابن دحیه کلبی (درگذشته 633ق) است که در مقدمه کتاب خود اعلام النصر المبین فی المفاضلة بین اهلَی صفین [در اثبات حقّانیت امام علی (ع) در برابر معاویه در جنگ صفّین]، بیان کرده است که امام (ع) برروی تپه‌ای در بالای فرات، مسجدی ساخت تا در مدّت حضور خود در صفین، فرائض و نمازهای خود را در آنجا به جای آورد؛ و این مسجد تا زمان وی زیارتگاه زائران بوده و خود او نیز آن را زیارت کرده است. ظاهراً مقصود وی از این مسجد، همان مشهدی است که ابن عدیم به عنوان خیمه‌گاه امیر مؤمنان (ع) از آن یاد کرده است. به‌هرحال متن سخن ابن دحیه چنین است: ⁵ اعلام النصر المبین فی المفاضلة بین اهلی صفین، صص 54-55.
«ثم بنی مسجداً علی تل بأعلی الفرات لیقیم فیه مدة مقامه فرائض الصلوات لفضل صلاة الجماعة علی صلاة الفذ بسبع وعشرین من الدرجات علی ما ثبت عن رسول الله (ص) من روایة ابن عمر وغیره من الصحابة العدول الاثبات،‌ ولیذکروا فیه اسم الله علی ما امرهم به خالق الارض والسماوات. وهو الی الیوم تزدحم فی ساحته رکائب الوفود للمزارات، وتستمطر ببرکته شآبیب البرکات، وأخلق بما أسسه ـ علیه السلام ـ للعبادات ان تعدل السنین منه دقائق الساعات، وأن تکون صلاة الجماعة فیه من افضل صلاة الجماعات. وقد دخلت هذا المسجد زائراً فی اختیارات الاختیارات،‌ فدعوت فیه فطَعِمتُ حلاوة اجابة الدعوات، وکانت زیارتی إیاه کالتاج علی رؤوس الزیارات، فالحمد لله علی ما بلغ من کل بقعة مشهودة الطهارات مشهورة الفضل فی المزورات.»
زیارتگاه‌های باقی‌مانده در صفّین، امروزه شامل سه بنای نیمه‌ویران با پلان مربع است که در نقطه مرتفعی در جزیره الثوره و مشرف به دریاچه اسد قرار دارد. ساختمان آنها از وضعیت مناسبی برخوردار نیست و در صورت عدم مرمّت و رسیدگی به آنها، با خطر فرو‌ریختن در آینده مواجه است. (البته این توصیف مربوط به بازدید نگارنده در سال 2006 میلادی است و از وضعیت فعلی آنها اطلاعی در دست نیست.)
از میان سه این بنا، یکی از آنها در منتهی‌الیه شمال غربی جزیره، و اندکی دورتر از دو بنای دیگر قرار دارد. ساختمان آن از آجر و سنگ ساخته شده و دارای یک ورودی در ضلع شمالی آن است. در مقابل ورودی نیز در ضلع جنوبی بنا، شکل یک محراب کوچک (بدون عمق) وجود دارد که در بالای آن تزئینات صدفی شکل باقی مانده است. گنبد بنا نیز فرو ریخته، اما بخش‌هایی از گردن گنبد و سقف بنا باقی مانده است.
به عقیده نگارنده این سطور، توصیف جغرافیدانان و مورخان از محل خیمه‌گاه امام علی (ع) در صفین، به ویژه ابن‌عدیم که محل قبور شهدای صفین را در جنوب و شرق مشهد (خیمه‌گاه) امام علی (ع) دانسته، و نیز ابن دحیه کلبی که آن را مسجد خوانده و محل آن را بالای تپه‌ای مجاور فرات تعیین کرده، کاملاً با وضعیت و موقعیت بنای مورد اشاره در بالا، قابل انطباق است. از این‌رو نگارنده معتقد است که این بنا در واقع همان زیارتگاه یا محل خیمه‌گاه امام علی (ع) در صفّین است که لااقل تا سده هفتم هجری، شناخته شده و زیارتگاه بوده است.

نمای داخلی زیارتگاه